A obra de transposição do rio São Francisco é polêmica por ser considerada um projeto muito caro. O governo vai dispor nesta primeira etapa R$ 1,5 bilhão, mas pode chegar a R$ 6,5 bilhões. Se somar o total do empreendimento serão necessários R$ 20 bilhões nos próximos 10 anos.
Os canais, que vão levar a água do rio São Francisco para a região do semi-árido, abrangem somente 5% do território e 0,3% da população do Nordeste Setentrional.
Os ambientalistas alegam que afetará intensamente o ecossistema ao redor de todo o rio São Francisco. O governo federal rebate dizendo que o projeto contempla investimentos em revitalização ambiental e de construção de agrovilas para assentar as cerca de 800 famílias que vão deixar as terras próximas aos canais.
A água destinada aos canais são para consumo humano e animal. Também será possível num futuro disponibilizar água para a agroindústria por meio da irrigação.
Existe a preocupação de redução da vazão do rio São Francisco. Na linguagem popular é tirar “sangue de um corpo doente e passar para outra corpo doente”, definição do bispo de Barra, Luiz Flávio Cappio.